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Raspberry上でApacheを動かし、ブラウザからHTMLファイルにアクセスしてphpと連携しrostopicのコマンドを送りたいのですが、上手くいきません。

再起動やシャットダウンのコマンドは動きました。
今の構成としてはhtmlファイルからphpにコマンドの内容を送信し、phpでshell_exec($command)を実行しています。

ROS Answersに似たような質問があったのですが、メンテナンス中らしく質問の内容を見ることができません。
どなたかお力添えをいただけませんか。

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恐らく環境変数が設定されてないからと思います。

source setup.bash をして設定される環境変数を、PHPの実行環境にも設定すればよいのではないかと。

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WebページでROSが利用したがる場合はrosbridgeとroslibjsがおすすめです。

例えばトピックリストの取得はROSクラスのgetTopicsが利用できます。